Il Convento dei Cappuccini  fu  fondato  nel  1595 dall’ordine monastico francescano  e man mano che i fedeli incominciavano a frequentare il monastero si decise, nel 1601, di costruire la Chiesa di San Niccolò, tanto da ingrandire le fabbriche circostanti e istituirvi un vero e proprio ospizio per i più poveri e per i tanti pellegrini che visitavano il Santuario di San Michele. Storicamente la Chiesa di San Niccolò, detta anche extra moenia, nasce lungo le mura della città e precisamente su  una delle torri di età normanna che si congiungeva all’altra torre che era lungo le mura dove successivamente sorse il Palazzo Amicarelli, costruito nel 1894. Infatti, la torre si vede ancora in una foto della seconda metà dell’Ottocento dove è raffigurata a destra  oltre la torre normanna, anche la scalinata che porta al castello e l’obelisco dedicato alla Vergine Annunziata, che un tempo si trovava su Largo Cappuccini e che oggi è stato allestito impropriamente, con metà colonna, all’inizio di Via Garibaldi con un piccolo San Michele in avorio.  Nella parte posteriore Piazza dei Cappuccini,  lungo la Via che porta al Largo Giulio III, si nota ancora una torre quadrangolare di età aragonese, che  un tempo aveva la funzione di difesa del sottostante Rione Junno.

Quindi, allorquando fu decisa la costruzione della Chiesa di San Niccolò, sia le mura che la torre, che si trovavano all’interno della Chiesa,  vennero abbattute e si decise di sopraelevare la Chiesa lasciando, nella parte sottostante, un vuoto di fondazione con lo scopo di essere utilizzato successivamente come ossario da parte dei Cappuccini. Evidentemente, come era usanza, prima che nascessero i cimiteri fuori le mura della città (Editto di Saint Cloud da parte di  Napoleone Bonaparte nel 1804, applicato in Italia dal 1806),  il vero e proprio cimitero del Convento dovette sorgere all’interno del monastero oppure nel giardino circostante il Convento. La scoperta delle ossa, nei locali sottostati la Chiesa di San Niccolò, fu dovuta negli anni Novanta allorquando il geometra Comunale Antonio Renzulli mise mano al restauro dei locali della Chiesa di San Niccolò e precisamente nella parte bassa di essa, dove si estendeva l’attuale scalinata a doppia rampa, costruita nel 1880,  su  progetto  dell'Ingegnere  Giuseppe  Hueber. Lateralmente la Chiesa, lungo l’attuale scalinata che porta al Castello, sono stati scoperti vari  locali che oggi sono ancora inutilizzati.

_{La Chiesa di San Niccolò ed ex Convento dei Cappuccini (sec.XVI)}

La nascita del Convento, quindi, è precedente la Chiesa, mentre la parte sottostante il monastero venne utilizzata dai frati cappuccini prevalentemente come ambiente per accogliere gli indigenti o i malati, offrendo loro un primo pasto e  ricovero momentaneo. Del resto sappiamo che i religiosi francescani  si occupavano soprattutto di malati colerici, specie nei periodi di epidemie di colera, tanto che, in certi periodi, tutto il complesso si trasformava in lazzaretto con i frati impegnati amorevolmente nella cura dei malati.  Infatti, tutta la parte antistante il Convento e la Chiesa è stata denominata Piazza della Beneficenza. Attualmente, in seguito a dei lavori di ristrutturazione della Villa Comunale e  nella parte sottostante il Convento, sono apparsi diversi archi che dovrebbero appartenere all’antica struttura del monastero, probabilmente un tempo adibita  a refertorio o a ricovero momentaneo dei malati. Di ciò sono stati interessati sia il Sindaco della Città che la Soprintendenza di Bari.